Stoppet drabbade linje 40, 42 och 43.
Prognos saknades för när trafiken skulle gå som vanligt igen.
Tågen går däremot utan problem mellan Stockholm City, Bålsta, Märsta och Uppsala och mellan Årstaberg, Nynäshamn och Södertälje.
Vid klockan 13.49 var trafiken i gång igen.