Tågen ställdes in på polisens order efter att obehöriga befunnit sig i spårområde.
– Ett vittne har ringt till SOS och sett någon på spårområdet norr om Ulriksdal. Personen är inte hittad, men vi letar med de kameror som finns, säger Ola Österling på Stockholmspolisen.
Ingen person har skadats.
Strax före klockan 15 kunde trafiken släppas på igen, enligt Trafikverket.
En del förseningar är att vänta efter stoppet och det är tågtrafiken mellan Stockholm C och Uppsala/Falun/Sundsvall och mellan Södertälje centrum och Märsta/Uppsala som påverkas.