Förseningarna låg på upp mot 30 minuter för pendeltågen under torsdagsmorgonen. Anledningen var ett tidigare signalfel vid Huddinge.
På SL:s hemsida varnade man för att tåg kan ställas in eller köra förbi vissa stationer med kort varsel.
"Var uppmärksam på plattformsskyltar och utrop ombord på tågen", skriver SL.
Förseningarna påverkade både pendel- och fjärrtåg som trafikerar sträckan Stockholm-Södertälje.
Uppdatering: Trafiken rullar som vanligt igen.