På den södra sidan påverkas sträckan mellan Stockholm Södra och Årstaberg, där alla tåg under morgonen har tvingats dela på ett spår.
Växelfelet blev avhjälpt klockan 07.47 men SL varnar fortsatt för kraftiga förseningar, oregelbunden trafik och många inställda avgångar för samtliga linjer.
"På grund av hög belastning kan vi just nu inte garantera att alla inställda pendeltåg visas som inställda i reseplaneraren," skriver SL på sin hemsida. Det är möjligt att se pendeltågens avgångar från din station på trafikverket.se.
Inga pendeltåg till Arlanda
Samtidigt har ett växelfel inträffat mellan Upplands Väsby och Arlanda. Det innebär att inga pendeltåg stannar vid Arlanda C, utan leds om via Märsta.
För att underlätta resandet gäller en biljettsamverkan mellan SL, SJ och Mälartåg, vilket innebär att resenärer kan använda sina biljetter på samtliga tåg till och från Arlanda.
Prognosen är att trafiken till Arlanda ska kunna återgå till det normala på torsdag den 21 augusti.