Gruppen som inkluderas i piloten är samtliga pojkar och unga män födda 2007–2008.
– Genom att vaccinera sig skyddar man inte bara sig själv, utan minskar också risken att viruset sprids vidare och drabbar andra, säger Hanna Milerad, medicinskt ansvarig på Regionalt cancercentrum, RCC, i ett pressmeddelande.
För att finansiera satsningen kommer regionen behöva ta medel från statens satsning på gratis HPV-vaccin till kvinnor.
Vaccinationerna kommer att ges på vaccinationsmottagningar i Stockholms län i höst.