Brotten ska ha ägt rum i anslutning till träningar i Solna och Sundbyberg under 2022.
Tränaren ska ha utövat flera sparkar mot en pojke, även när han låg ned på golvet.
En annan pojke ska tränaren enligt åtalet tagit strupgrepp på så att han tappade medvetandet. Även han ska ha fått tagit emot sparkar på huvud och kropp.
Åklagaren bedömer misshandeln av de båda pojkarna som grov, bland annat på grund av deras unga ålder.
Tränaren förnekar brott. I förhör har han bland annat berättat att de ibland bråkade, men på skoj, och att han inte skulle skada dem.
Rättegången är planerad att starta i juni.