Varningen gäller mellan klockan 17.00 och 23.00, och det är senare under kvällen som vinden väntas bli som kraftigast.
– Från torsdag eftermiddag tilltar den sydostliga vinden och under kvällen kan vi få mycket hårda vindbyar på 21–24 meter per sekund, säger meteorologen Viktor Bergman vid SMHI.
Han jämför med ovädret den 3 juli i år, då vindar orsakade stora problem: träd föll över vägar, glasskivor lossnade från byggnader, kollektivtrafiken stod stilla och många hushåll blev utan ström.
– Då blåste det 23 meter per sekund som mest. Så det kan bli ett liknande utfall.
Allra mest utsatt blir skärgården. Samtidigt väntas också ett lågtryck med mycket regn dra in.
SMHI uppmanar: Säkra lösa föremål
Myndigheten varnar för att lösa föremål som studsmattor, trädgårdsmöbler och byggnadsställningar kan blåsa iväg.
Det finns risk för förseningar och inställda avgångar i kollektivtrafiken, liksom blockerade vägar på grund av nedfallna träd och grenar. Även el- och telenäten kan störas i områden med luftledningar.
Dubbelsmocka
På onsdagseftermiddagen går SMHI ut med ytterligare en varning. Den här gången för skyfallsliknande regn- eller åskskurar i hela Stockholm.
Varningen gäller från klockan 17.00 och fram till 03.00 i natt.
På en del platser kan skurarna bli kraftiga och kan på kort tid ge 20 till 40 millimeter regn.