En förbipasserande upptäckte en man i vattnet vid Norrbro, i närheten av Slottet och Riksdagen, vid 12.30-tiden på tisdagen och larmade räddningstjänsten.
Mannen är i 40-årsåldern och har förts till sjukhus med ambulans, enligt polisen.
– Han var inte vid medvetande, säger polisens presstalesperson Daniel Wikdahl.
Det finns ingen misstanke om brott.