Den första sprängningen i april utfördes med två handgranter på Kungsholmen och den andra med en så kallad termosbomb i Norsborg, enligt åklagaren.
Pojken höll sig undan polisen i flera veckor innan han enligt åtalet sköt ihjäl en man utanför en restaurang i Boländerna i Uppsala den 13 maj.
15-åringen greps på flyende fot efter att ha kastat ifrån sig skjutvapnet och en handgranat i Fyrisån. Vapnen hittades av polisdykare flera månader efteråt.
Nu åtalas 15-åringen själv för explosionerna i Stockholm och tillsammans med en 17-årig pojke för mordet i Uppsala. Den äldre pojken misstänks ha försett den yngre med skjutvapnet och granaten som hittades i ån.
Åklagaren: Hittat info i telefoner
– Information i mobiltelefoner tillsammans med övervakningsfilm är del av bevisningen i ärendet, säger statsåklagare Andreas Nyberg som är förundersökningsledare gällande mordet, i ett pressmeddelande.
Anklagelserna mot 15-åringen gäller grov allmänfarlig ödeläggelse i Stockholm samt mord, grovt vapenbrott och grovt brott mot lagen om brandfarliga och explosiva varor i samband med mordet i Uppsala.
17-åringen åtalas för medhjälp till mord, involverande av en underårig i brottslighet, grovt vapenbrott och brott mot lagen om brandfarliga och explosiva varor, grovt brott.
Åklagaren har även väckt åtal mot tre personer i åldrarna 15-17 år för underlåtenhet att avslöja mord.
Förhandlingarna om mordet i Uppsala och sprängningarna i Stockholm inleds den 2 oktober i Attunda tingsrätt.