Båten har legat förtöjd en längre tid och har börjat ta in vatten.
En dykinsats har genomförts och det finns inget som tyder på att någon skadats eller hamnat i vattnet.
– Vi har varit där med dykare och kollat, ingen person ska ha varit i vattnet och ägaren är underrättad, säger Håkan Eriksson på Storstockholms brandförsvar.
Båten låg strax efter lunchtid på fredagen kvar i vattnet, men hade inte sjunkit till botten, uppger räddningstjänsten.
I nuläget finns det inte heller någon misstanke om brott.