Polisen larmades till en skola i Ölsta klockan 01.30 på natten mot måndagen, efter att flera personer hört smällar och kontaktat polisen.
Under arbetet med att lokalisera smällarna hittade polisen inga spår och var på väg att avbryta insatsen.
Vid Märsta Båtklubb i Rävsta hittade polisen senare en död person. En förundersökning om mord har inletts.
– Just nu pågår ett arbete för att ta reda på vem personen är, underrätta anhöriga och vem eller vilka som kan tänkas ligga bakom och varför, säger Towe Hägg på polisens ledningscentral till Mitt i.
Enligt uppgifter till Aftonbladet ska den döde personen vara en tonårspojke med kopplingar till ett kriminellt nätverk i Stockholm.
Det pågår nu ett prioriterat polisarbete med att identifiera den avlidna personen så att anhöriga kan underrättas.
Vid 13-tiden på måndagen hävde polisen sin avspärrning vid Märsta Båtklubb då polisens tekniker var klara.
Under måndagseftermiddagen bekräftar polisen att det är en minderårig pojke som hittats död, troligen med skottskador. Personen har identifierats och är sedan tidigare känd hos polisen.
Polisen söker nu efter vittnen eller personer som kan ha information kring mordet. Detta är det tredje mordet på ett halvår i Sigtuna kommun. Tidigare har en man skjutits ihjäl i oktober och i januari sköts en man ihjäl på en restaurang.