Polisen kallades till Årstaviken, i närheten av Skanstullsbron, strax efter midnatt efter att en man larmat om att hans vän försvunnit.
På plats inledde polisen en sökinsats på land och i vattnet i hopp om att hitta den försvunna person.
Efter förhör med personen som larmade polisen framkom det uppgifter som fick polisen att misstänka brott. En förundersökning rubricerad mord är inledd. Personen är nu gripen.
– Fartyget i fråga har beslagtagits och en teknisk undersökning håller på att genomföras, säger Mats Eriksson, presstelesperson vid Stockholms polisen.