15-åringen är misstänkt för att ha skjutit en annan elev inne på skolan i onsdags.
På lördagen häktades 15-åringen på sannolika skäl misstänkt för försök till mord och grovt vapenbrott.
I onsdags gick Huddinge kommun ut med – och dementerade – uppgifter om att eleven skulle ha blivit skjuten med ett luftgevär.
För Dagens Nyheter bekräftar åklagare att ett tillståndspliktigt skjutvapen, som man misstänker att 15-åringen ska ha använt, har tagits i beslag.
15-åringen nekar till brott, uppger hans advokat. Åtal ska väckas senast den 18 september.